Lo que hoy se conoce como Chapa de Mota, fue denominado Nonthé ("Sobre el cerro"), por los primeros pobladores otomíes que llegaron hacia el 200 de nuestra era. Aunque también se conoce como Nñonthe que viene de nñoxú, cabeza; nthe, de ntheje, monte. Cabe recordar que el idioma otomĩ es aglutinante y que se puede formar una palabra de dos o mãs, de ahĩ que entre los significados meta fõricos de Nñonth&etilde; se pueden mencionar dos: "Personas que hablan dentro del monte" y "Camino de montes".

La ubicaciõn general del poblado fue sobre el cerro de las Ánimas cerca de la cabecera municipal. Este primitivo asentamiento fue conocido como "Chiapa el Viejo"

El nombre de Chiapa viene del nãhuatl: chín o chĩa (semilla para hacer agua fresca), atl, agua y pan sobre o en, es decir: "En el agua" o "Río de chĩa". Con este nombre se designa el lugar durante la expansión mexica, hasta la llegada de los españoles.

Despu&etilde;s de la conquista de tenochtitlan, Chiapan fue dada en encomienda al capitãn Jerõnimo Ruiz de la Mota, quien prefiriõ cambiar la denominación de la población y en vez de Chiapan, le llamõ Chiapa. Debido al prestigio de esta familia, durante toda la Colonia, al lugar se le conociocomo Chiapa de Mota. En el M&etilde;xico independiente se llamõ San Miguel Chapa de Mota, finalmnete quedó Chapa de Mota, como se le conoce actualmente.